Ο Πέτρος Μπακάκος είναι Επίκουρος Καθηγητής Πνευμονολογίας στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Ειδικεύτηκε στην Πνευμονολογία και στη συνέχεια στην Εντατική Θεραπεία. Μετεκπαιδέυτηκε στο Ηνωμένο Βασίλειο από τον Φεβρουάριο 1998 μέχρι τον Ιούνιο 1999 όπου εργάστηκε ως Research and Clinical Fellow στο Infection Inflammation and Repair Research Division του Τμήματος University Medicine του Πανεπιστημίου του Southampton. Το κύριο ερευνητικό του ενδιαφέρον αφορά τα αποφρακτικά νοσήματα των αεραγωγών και κυρίως το βρογχικό άσθμα.

Είναι o Εθνικός αντιπρόσωπος της Ελλάδας (National Delegate) στην Ευρωπαική Πνευμονολογική Εταιρία (ERS) και ο ένας εκ των δυο συντονιστών της ομάδας Άσθματος της Ελληνικής Πνευμονολογικής Εταιρείας.

Από το 2005 εργάζεται στην Α Πανεπιστημιακή Πνευμονολογική Κλινική της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών στο Νοσοκομείο ΝΝΘΑ «Σωτηρία».