Σκοπός ενός φυσιολογικού γεννητικού κύκλου είναι η απελευθέρωση ενός ώριμου ωοκυττάρου (ωάριο), το οποίο με τη γονιμοποίηση του από ένα σπερματοζωάριο να δημιουργήσει μια νέα ζωή. Ο κύκλος αυτός βρίσκεται υπό τον άμεσο έλεγχο του άξονα υποθαλάμου- υπόφυσης και απαιτεί λειτουργικότητα των ωοθηκών και της μήτρας. Πρόκειται για ένα από τα πλέον περίπλοκα συστήματα ρύθμισης στον ανθρώπινο οργανισμό.
Εξ' ορισμού ως πρώτη ημέρα εμμηνορρυσίας χαρακτηρίζεται η πρώτη ημέρα κατά την οποία η γυναίκα παρατηρεί αιμόρροια. Ο κύκλος της γυναίκας διαιρείται σε δύο φάσεις: την παραγωγική και την ωχρινική φάση, κάθε μία δε διαρκεί 14 ημέρες. Η μετάβαση από την πρώτη στη δεύτερη φάση του κύκλου οφείλεται στην απελευθέρωση ενός ωαρίου.

Κατά την παραγωγική φάση λόγω του χαμηλού ποσού οιστρογόνων που κυκλοφορούν στο αίμα απελευθερώνεται από την υπόφυση, που είναι ο κεντρικός ρυθμιστής δράσης όλων των ενδοκρινών αδένων, η γοναδοτροφίνη FSH. Η ορμόνη αυτή συμμετέχει στην επιλογή ενός από τα ωοθυλάκια (πρώιμα γυναικεία γεννητικά κύτταρα) που υπάρχουν στις δύο ωοθήκες. Η επιλογή ενός ωοθυλακίου που αυξάνει προοδευτικά σε μέγεθος οδηγεί στην παραγωγή οιστρογόνων από την ωοθήκη. Η σταθερή αύξηση της συγκέντρωσης των οιστρογόνων στο αίμα οδηγεί σε μορφολογικές αλλαγές στο ενδομήτριο το οποίο αυξάνει σε πάχος και αιμάτωση με σκοπό να παρέξει τα απαιτούμενα θρεπτικά συστατικά στο έμβρυο.

Όταν τα επίπεδα των οιστρογόνων κορυφώνονται - περί την 14η ημέρα - τότε παρατηρείται η μεσοκυκλική αιχμή των γοναδοτροφινών (FSH & LH) με αποτέλεσμα τη ρήξη του ωοθυλακίου και απελευθέρωση ενός ωαρίου από την ωοθήκη στη σύστοιχη σάλπιγγα.

Κατά την ωχρινική φάση, τα κύτταρα που περιέβαλλαν το ραγέν ωοθυλάκιο αρχίζουν να παράγουν μία άλλη ορμόνη που λέγεται προγεστερόνη. Η ορμόνη αυτή έχει πολλαπλές δράσεις καθώς βοηθά στην καλύτερη οργάνωση του ενδομητρίου ώστε να είναι κατάλληλο για την εμφύτευση του γονιμοποιημένου ωαρίου, ενώ παράλληλα εμποδίζει την ωρίμανση άλλων ωοκυττάρων. Σε περίπτωση που δεν γίνει γονιμοποίηση τότε έχουμε προοδευτική ελάττωση των επιπέδων οιστρογόνων και προγεστερόνης στο αίμα και κατά συνέπεια αδυναμία συντήρησης του υπερπλασθέντος ενδομητρίου, το οποίο αποπίπτει. Έτσι σχηματίζεται η χαρακτηριστική ποσότητα αίματος που ορίζει ένας νέο γεννητικό κύκλο, όπου τα παραπάνω περιγραφέντα φαινόμενα συμβαίνουν εκ νέου.

Σε περίπτωση που γίνει γονιμοποίηση τότε συνεχίζεται να παράγεται οιστρογόνα και προγεστερόνη και ο οργανισμός εκτρέπεται προς μια τελείως διαφορετική μεταβολική κατεύθυνση.

1-5η ημέρα : Αύξηση επιπέδων FSH ® Επιλογή ωοθυλακίου.
6-12η ημέρα : Αύξηση επιπέδων Οιστραδιόλης ® Αλλαγή μορφολογίας ενδομητρίου
12-14η ημέρα : Μεσοκυκλική αιχμή γοναδοτροφινών ® Ωορρηξία
15-21η ημέρα : Αύξηση επιπέδων Οιστραδιόλης - Προγεστερόνης ® Οργάνωση ενδομητρίου.
22-28η ημέρα : Σταδιακή πτώση Οιστραδιόλης - Προγεστερόνης ® Εμμηνορρυσία.