Το κύριο σύμπτωμα της ημικρανίας είναι ο πονοκέφαλος. Στα 2/3 των περιπτώσεων ο πονοκέφαλος εντοπίζεται στο μισό κεφάλι, συνήθως πίσω από το ένα μάτι, ενώ στο υπόλοιπο 1/3 εντοπίζεται σε ολόκληρο το κεφάλι. Από άποψης έντασης ο πόνος είναι πολύ έντονος και αφόρητος.

Οι περισσότεροι άρρωστοι έχουν την αίσθηση ότι κάποιο σφυρί κτυπάει το κεφάλι τους από μέσα ρυθμικά, στη συχνότητα του σφυγμού τους.

Ο πονοκέφαλος της ημικρανίας, αν αφεθεί χωρίς θεραπεία ή αν η αγωγή που έλαβε ο άρρωστος αποδειχθεί μη αποτελεσματική, μπορεί να διαρκέσει από 4 ώρες μέχρι 3 ημέρες. Εκτός από τον πονοκέφαλο υπάρχουν και άλλα συμπτώματα που συνοδεύουν την ημικρανιακή κρίση, όπως ναυτία, εμετοί, δυσανεξία στο φως ή στους διαφόρους ήχους.

Σε μερικά άτομα προηγούνται του πονοκεφάλου διαταραχές της όρασης π.χ. βλέπουν φωτεινές γραμμές, αστράκια, μυγάκια, λαμπερές ή σκοτεινές περιοχές στο οπτικό τους πεδίο κ.ά.

Ο τρόπος με τον οποίο εκδηλώνονται οι κρίσεις ημικρανίας διαφέρει από άτομο σε άτομο, με αποτέλεσμα κάθε ασθενής να περιγράφει τη «δική» του ημικρανία. Η συχνότητα των ημικρανιακών κρίσεων ποικίλλει από άρρωστο σε άρρωστο, από πολύ αραιές μέχρι πάρα πολύ συχνές.

Κατά μέσω όρο κάθε άρρωστος παρουσιάζει 2-3 κρίσεις το μήνα.

Πρακτικά υπάρχουν δύο μορφές ημικρανίας: αυτή που συνοδεύεται από αύρα και αυτή στην οποία δεν υπάρχει αύρα.
Με τον όρο αύρα εννοούμε μια σειρά νευρολογικών συμπτωμάτων, όπως σκοτώματα ή λαμπυρίσματα στην όραση, μουδιάσματα από τη μία πλευρά του προσώπου ή του σώματος, αδυναμία, παραισθήσεις, διαταραχές της ομιλίας κ.ά.

Η ημικρανία με αύρα είναι πιο σπάνια από αυτή χωρίς αύρα. Σε κάθε 10 περιπτώσεις ημικρανίας μόνο η μία συνοδεύεται από αύρα.

Μια τυπική κρίση ημικρανίας εξελίσσεται συνήθως σε 4 φάσεις, που είναι οι ακόλουθες :

1η φάση: Τα πρόδρομα συμπτώματα
κατά τη φάση αυτή, που προηγείται του πονοκεφάλου από αρκετά ώρες μέχρι 1-2 ημέρες, ο άρρωστος αισθάνεται πολύ κουρασμένος ή χασμουριέται συνεχώς ή αντίθετα είναι πολύ ενεργητικός και τελειώνει τις δουλειές του στο μισό χρόνο απ' ότι συνήθως χρειάζεται.

Άλλοι πάλι ασθενείς αισθάνονται μια ακαταμάχητη επιθυμία για κάποια τροφή, ιδιαίτερα για γλυκά. Τα παραπάνω είναι προειδοποιητικά σημεία που πολλοί ασθενείς τα έχουν επισημάνει και γνωρίζουν ότι μετά από μερικές ώρες θα εμφανισθεί η ημικρανιακή κρίση.

2η φάση : Η αύρα
Κατά τη φάση αυτή εμφανίζονται τα συμπτώματα της αύρας στους ασθενείς που πάσχουν από ημικρανία με αύρα.

Στα άτομα που πάσχουν από ημικρανία χωρίς αύρα η φάση δεν υπάρχει. Η φάση της αύρας διαρκεί το πολύ μία ώρα και στη συνέχεια εγκαθίσταται η 3η φάση.

3η φάση : Ο πονοκέφαλος
Στη φάση αυτή εμφανίζεται έντονος πονοκέφαλος με τα χαρακτηριστικά που αναφέρθηκαν και ο οποίος, αν δεν χορηγηθεί η κατάλληλη θεραπευτική αγωγή, διαρκεί από 4 ώρες μέχρι 3 ημέρες.

Ο πονοκέφαλος συνήθως συνοδεύεται από ανορεξία, ναυτία και εμετούς, ενώ επιδεινώνεται από το φως, τους ήχους, το περπάτημα, το βήχα, το σκύψιμο κ.ά. Στη φάση αυτή ο άρρωστος προτιμάει να παραμένει ξαπλωμένος σε ένα ήσυχο και σκοτεινό δωμάτιο σταματώντας κάθε δραστηριότητα.

4η φάση : Μετά την κρίση
Μετά την πάροδο του πονοκεφάλου ο άρρωστος αισθάνεται εξάντληση και υπνηλία που μπορεί να φθάνει μέχρι και λήθαργο. Η φάση αυτή διαρκεί από αρκετές ώρες μέχρι και ημέρες.