PCR τεστ και λύματα επιτηρούν τους ιούς [μελέτη]

Αμερικανοί ερευνητές ανέπτυξαν τεστ PCR που ανιχνεύουν το RNA 15 διαφορετικών αναπνευστικών ιών. Μια πρώτη μελέτη στο Lancet Microbe διαπίστωσε υψηλή συμφωνία με τα αποτελέσματα από τα τοπικά εργαστήρια επιτήρησης.

Σύμφωνα με ένα όραμα των συγγραφέων, οι τακτικές εξετάσεις των λυμάτων θα μπορούσαν στο μέλλον να υποδεικνύουν ποιες ασθένειες πρέπει να αναμένουν σήμερα οι γιατροί.

Η πανδημία έδειξε ότι οι εξετάσεις λυμάτων μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την επιτήρηση. Τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ (CDC) χρησιμοποιούν ήδη αυτή τη δυνατότητα για την παρακολούθηση της εξάπλωσης των νέων παραλλαγών του SARS-CoV-2.

Στην Ευρώπη, σχεδιάζεται παρόμοια συστηματική επιτήρηση με το ESI-CorA. Επειδή τα αποτελέσματα μιας εξέτασης PCR είναι διαθέσιμα εντός 24 ωρών, η πορεία μιας επιδημίας μπορεί να παρακολουθείται, τρόπον τινά, ζωντανά.

Οι ερευνητές του Πανεπιστημίου του Στάνφορντ στο Πάλο Άλτο θέλουν τώρα να χρησιμοποιήσουν τα τεστ και για άλλες ιογενείς ασθένειες. Μαζί με τη "Verily Life Sciences" (πρώην "Google Life Sciences"), οι ερευνητές ανέπτυξαν 13 τεστ PCR για τα πιο κοινά ιογενή παθογόνα του αναπνευστικού συστήματος.

Αυτό είναι σχετικά εύκολο να γίνει επειδή τα παθογόνα έχουν αποκωδικοποιηθεί γενετικά εδώ και αρκετό καιρό και οι αλληλουχίες των γονιδίων έχουν δημοσιευθεί.

Για ένα τεστ PCR, η ομάδα της Alexandria Boehm επέλεξε τις λεγόμενες συντηρημένες αλληλουχίες. Πρόκειται για τμήματα του γενετικού υλικού που είναι αμετάβλητα για τους ιούς, καθώς οποιαδήποτε μετάλλαξη θα οδηγούσε στο σχηματισμό ελαττωματικών ιών.

Μαζί με 2 ήδη γνωστά τεστ, το τεστ PCR καλύπτει τους ιούς της γρίπης Α και της γρίπης Β, τους αναπνευστικούς συγκυτιακούς ιούς RSV A και RSV B, 5 διαφορετικούς ιούς της παραϊνφλουέντζας, 4 εποχικούς κορωνοϊούς, τον ανθρώπινο ρινοϊό και τον μεταπνευμονοϊό.

Οι ερευνητές εξέτασαν 216 δείγματα που συλλέγονταν τρεις φορές την εβδομάδα επί 17 μήνες σε μια μονάδα επεξεργασίας λυμάτων της κομητείας Σάντα Κλάρα στο πλαίσιο μιας πιλοτικής μελέτης. Τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με αναφορές από μικροβιολογικά εργαστήρια της ίδιας περιφέρειας, όπου εξετάζονται δείγματα που αποστέλλονται από γιατρούς και κλινικές.

Όπως αναφέρουν η Boehm και οι συνεργάτες της, οι υψηλότερες συγκεντρώσεις ιών βρέθηκαν στον ανθρώπινο ρινοϊό και στον εποχικό ανθρώπινο κορωνοϊό. Η συγκέντρωση αυτών και άλλων ιών συσχετίστηκε με τα ποσοστά θετικότητας στα εργαστήρια που χρησιμοποιούν οι αρχές για την επιτήρηση, σύμφωνα με τη μελέτη. Οι μόνες εξαιρέσεις ήταν η γρίπη B και ο RSV A, οι οποίοι ανιχνεύθηκαν σπάνια στα λύματα.

Οι ερευνητές μπόρεσαν να παρακολουθήσουν ζωντανά διάφορα κύματα κρυολογήματος και γρίπης κατά τη διάρκεια των 17 μηνών. Για παράδειγμα, υπήρξε ένα κύμα κρυολογήματος που προκλήθηκε από τον κοροναϊό OC43 και ένα σύμπλεγμα κρουσμάτων παραϊνφλουέντσας που προκλήθηκε από τον ιό της παραϊνφλουέντσας 3.

Μια ενδιαφέρουσα παρατήρηση ήταν ότι με την αύξηση του Omikron BA.1, η συγκέντρωση άλλου ιικού RNA μειώθηκε αισθητά, γεγονός που οι ερευνητές απέδωσαν σε αλλαγές στην ανθρώπινη συμπεριφορά κατά τη διάρκεια της πανδημίας.

Η Boehm οραματίζεται τη συνεχή παρακολούθηση των υγρών αποβλήτων. Μεμονωμένοι δήμοι θα μπορούσαν έτσι να ανιχνεύουν εποχικές επιδημίες σε πρώιμο στάδιο με λογικούς οικονομικούς πόρους.

Οι γιατροί θα μπορούσαν να προειδοποιούνται για τη συσσώρευση αναπνευστικών ασθενειών.

Κατ' αρχήν, τα αποτελέσματα θα μπορούσαν να κοινοποιούνται καθημερινά όπως το δελτίο καιρού. Ο πληθυσμός θα είχε έτσι την ευκαιρία να προστατευτεί από τις λοιμώξεις.

Πηγές:
Lancet Microbe