Υπερυπολογιστής στη διαδικασία αναζήτησης φαρμάκου κατά του κορωνοϊού

Οι υπερυπολογιστές βοηθούν την ανθρωπότητα ποικιλοτρόπως. Ένας από αυτούς ψάχνει για ένα αποτελεσματικό φάρμακο κατά της Covid-19 στο Mainz. 

Ο υπερυπολογιστής με την ονομασία “Mogon II” πραγματοποίησε από τα μέσα Ιανουαρίου - μέσα Μαρτίου πολύπλοκους υπολογισμούς, διερευνώντας επισταμένως μια βάση δεδομένων που περιλαμβάνει φάρμακα και φυσικά προϊόντα που έχουν ήδη εγκριθεί για άλλες ασθένειες, όπως εξηγεί ο καθηγητής Thomas Efferth από το Ινστιτούτο Φαρμακευτικών και Βιοϊατρικών Επιστημών στο JGU.

O Mogon II μπορεί να εκτελέσει περίπου δύο τρισεκατομμύρια μεμονωμένους υπολογισμούς ή δύο petaflops σε ένα δευτερόλεπτο. Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ) δημοσίευσε πρόσφατα μια έκθεση σχετικά με το έργο στον ιστότοπό του.

Προσομοιώθηκαν περίπου 42.000 ουσίες για να βρεθεί το αν και κατά πόσο συνδέονται με ορισμένες πρωτεΐνες του παθογόνου Sars-CoV-2 . Με μία σύνδεση  θα μπορούσε παρεμποδιστεί ο ιός να εισέλθει στο ανθρώπινο σώμα και να πολλαπλασιαστεί. Ιδιαίτερη προσοχή δόθηκε στις λεγόμενες πρωτείνες – ακίδες που  προεξέχουν από την επιφάνεια του κορονοϊού.

Πρόκειται για την  τοποθέτηση ενός τρόπον τινά "ταραχοποιού" σε αυτό, ώστε η σύνδεση της πρωτεΐνης - ακίδας στο ανθρώπινο κύτταρο να μην λειτουργεί πλέον, εξηγεί ο μοριακός βιολόγος, επισημαίνοντας ότι οι διαδικασίες προσομοίωσης από τους υπολογιστές είναι πολύ πιο γρήγορες και φθηνότερες από τα εργαστηριακά πειράματα.

Τα τελευταία χρόνια, ο Mogon II που λειτουργεί από το JGU και το Ινστιτούτο Helmholtz Mainz έχει ήδη πραγματοποιήσει προσομοιώσεις με πιθανές δραστικές ουσίες κατά του καρκίνου. Τώρα οι προσομοιώσεις εστιάζονται στην Covid-19 . Ο Mogon II πραγματοποίησε εντός δύο μηνών περισσότερους από 30 δισεκατομμύρια υπολογισμούς.

Πηγές:
"Pharmazeutische Zeitung"